La Rectoría corresponde en la estructura organizacional, al ámbito de alto gobierno de la Universidad y està representado por el Rector como representante legal y primera autoridad ejecutiva.

Para ocupar el cargo de rector de la UNAD, se requiere ser ciudadano en ejercicio, poseer título universitario y de posgrado, haber sido directivo académico universitario o profesor universitario, al menos, durante cinco años y haber desarrollado actividades académicas destacadas en la modalidad a distancia por un periodo no inferior a cinco años y tener al menos dos años de experiencia administrativa. Es nombrado por el Consejo Superior Universitario para un periodo de cuatro años.

Son funciones de la Rectoría: